Le Conseil de Surveillance est l’organe de délibération, de contrôle et de suivi des activités de l’Agence au regard des orientations de la politique de l’Etat. Le Conseil assiste le Directeur Général dans l’exercice de ses fonctions et attributions. Il délibère sur les budgets et les approuve. Il approuve également les programmes pluriannuels d’investissement, les états financiers, l’organigramme de l’Agence, le manuel de procédures, les rapports annuels d’activités du DG, la grille des rémunérations, le règlement intérieur. Le Conseil est composé d’un (1) représentant de la Présidence de la République, d’un représentant de la Primature, du ministère des Affaires Etrangères, des Forces Armées, de l’Intérieur, du ministère chargé des Collectivités locales, du ministère de l’Urbanisme et de  l’Habitat, du ministère de l’Ecologie et de la Protection de la Nature. Le ministère des Finances a deux (2) représentants dont un des Domaines. Pour chaque membre du Conseil, un suppléant est désigné. Le Président du Conseil de Surveillance est nommé par décret. Les membres sont nommés par arrêté par le Secrétaire Général de la Présidence sur proposition des Administrations concernées. Ils ont un mandat de trois (3) ans renouvelable une fois. Le Conseil de Surveillance se réunit en session ordinaire tous les trimestres sur convocation de son Président.