L’agence est administrée par deux (02) organes : le Conseil de surveillance (CS) : Organe de délibérations et de la Direction Générale (DG) : Organe d’exécution.                                                                           Le Conseil de Surveillance (CS) est composé comme suit : d’un représentant du Président de la République, d’un représentant du Premier Ministre, d’un représentant du ministre chargé des affaires étrangères, d’un représentant du ministre chargé de l’intérieur, d’un représentant du ministre des forces armées, d’un représentant du ministre  chargé des Finances, dont un représentant du service des domaines, d’un représentant du ministre  chargé de l’Urbanisme et de l’Habitat, d’un représentant du ministre chargé des Collectivités locales, d’un représentant du ministre  de l’écologie et de la protection de la nature. Le Conseil de surveillance est l’organe de délibérations, de suivi et de contrôle des activités de l’agence au regard des orientations de la politique de l’Etat telles que définies dans la Lettre de Mission. Il assiste, par ses avis et recommandations, le Directeur Général de l’agence dans l’exercice de ses fonctions et attributions.